仪器数据采集在 LIMS 建设过程中,主要目标是实现从 LIMS 中将样品编号,检验检测项目、方法等发送到仪器设备工作站,并从仪器设备工作站中将样品编号,检验检测项目、方法、结果,质控结果等信息发送到 LIMS中,从而实现双方向的数据自动传输。仪器设备的数据采集是 LIMS 能够极大提升检验检测人员效率的功能,因此是否进行了仪器采集、仪器采集覆盖实验室的仪器数量、是否进行双向传输等经常作为 LIMS 提升效率的关键评判标准。 根据仪器是否具备双向传输条件,将仪器数据采集划分为双向传输仪器数据采集和单向传输仪器数据采集。
要实现双向传输,主要有两种方式；
    一种是通过与网络化色谱工作站(如:Empower,CDS等)集成进行双向传输；
     另一种是直接通过仪器设备提供的接口的议进行数据传输。根据仪器设备提供的数据传输接口、工作站的情况等,将仪器数据采集划分为串口数据采集,并口仪器数据采集、网口仪器数据采集、蓝牙仪器数据采集、文件仪器数据采集等不同的种类。但是,在 LIMS 建设过程中,为了达到仪器接口的统一性,一般会辅以硬件资源,将不同的接口转化为统一的接口方式,例如,将串口、并口、蓝牙等通过相应的转换器直接转换为统一的无线网络传输,这样在 L.IMS 中只需要针对网络传输协议进行数据处理即可。需要说明的是,为使数据在仪器和 LIMS 之间传输,需要将仪器产生的数据上网。但是考虑到实验室仪器直接接入互联网会造成潜在的安全风险,所以仅将仪器接入安全的局域网,同时要保证,仪器联网技术不能与仪器工作站的软件产生冲突。